有一次，耶和华差遣先知约拿前往尼尼微城，向那里的居民宣说，因为他们的罪大恶极，为耶和华所憎恶。可是约拿违背耶和华的命令，反而蒙骗耶和华。他登上一条开往他施地方去的船，准备到那里去躲避起来。
船行到中途，海上突然狂风大作，船岌岌可危。水手们惊恐万分，各人哀求自己的神，为减轻船的重量，把船上的货物都丢到海中。只有约拿一个人还躺在底舱，浑然不觉。船主人把他叫醒，惊奇地说：“你这沉睡的人哪，为何这样呢?起来，求告你的神，或许神顾念我们，使我们幸免于难。”有人建议用掣签的办法来确定究竟是谁得罪了神，使他们遭此大劫。结果掣出约拿。众人问他从何而来，约拿回答说：“我是希伯来人。我敬畏耶和华那万能的神。”然后，约拿告诉他们，他是为躲避耶和华才上这船的。众人不知所措，问道：“我们要怎么做，才能使海浪平静呢?”
这时，海浪越发翻腾，船马上就要倾覆了。约拿对众人说：“你们将我扔到海中，海就平静，这一切都是因为我。”众人不忍心这样做，都竭尽全力**浆，想把船划到岸上去，可是海浪越来越凶猛，船飘摇不定。于是众人求告耶和华说：“耶和华哪，我们恳求你，不要因这人使我们受到连累，不要使我们白白送命，因为你耶和华是随自己的意旨行事。”然后，他们把约拿抬起，抛入海中，果然立刻风平浪静了。
耶和华安排一条大鱼把约拿吞入腹中。约拿在鱼腹里足足呆了三天三夜。他向耶和华祷告说：“我遭遇患难求向耶和华，你就念顾我；从地狱呼求，你就俯听我的声音。……我说，我虽被你驱逐，我仍要仰望你的圣殿。……那信奉虚无之神的人，背叛怜爱他们的主；但我必用感谢的声音献祭与你。……救耶和华赦免我。”三天之后，耶和华吩咐大鱼把约拿吐在旱地上。耶和华又一次吩咐约拿去尼尼微，约拿便遵照耶和华的话去做。
约拿走了三天，来到尼尼微城，约拿进城走了一天，遵照耶和华的话说：“再等四十日，尼尼微必遭大难!”尼尼微人信服上帝，便宣告禁食，所有人全都穿上麻衣。甚至尼尼微王也脱下朝服，披上麻布，坐在灰中。王还通告全城说：“所有生命的生物都须绝食，也不准喝什么，都要披上麻布，切之求告上帝。各人都要一心向善，离开所行的恶道，丢弃手中的强暴。或许上帝不惩罚我们，使我们幸存，也未可知。”
上帝看见尼尼微人决心改过，就不把所说的灾祸降与他们。约拿为此气愤不已，因为耶和华使他的预言落空。他向耶和华祷告说：“万能的耶和华啊，我在临行之前就知道会是这样，因为我知道你是有恩典、有怜悯的神，一定会开恩而饶恕尼尼微人，所以我急速逃往他施去。耶和华啊，现在求你取我的命吧!因为我生不如死。”耶和华说：“你这样发怒合乎道理吗?”约拿来到城东郊外，在那里为自己搭了一座棚，坐在棚荫下，要看看尼尼微城究竟会如何。耶和华让那里长出一棵蓖麻树，树比约拿人还高，树影给约拿带来了阴凉，使约拿不致太热。次日黎明，耶和华又让一条虫子来咬这蓖麻树，以致枯槁。太阳出来的时候，耶和华让热风从东边吹来，太阳晒得约拿精神萎靡。约拿就为自己求死，说：“我还不如死了算了。”耶和华对他说：“你因这棵蓖麻发怒是合乎道理的吗?”约拿说：“我发怒以致于死，都合情合理!”耶和华说：“这蓖麻不是你亲手栽种的，也不是你用心培养的，一夜生长，一夜枯萎，你尚且爱惜，何况这尼尼微大城，其中不懂善恶的婴儿就有十二万多，还有许多牲畜，我岂能不爱惜呢?”
约拿释然醒悟，不再与上帝争辩。
